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XYZ顕微鏡追跡器は主にイメージング研究に応用され、自由移動または半拘束されたモード生物(例えば、秀麗なクリプト線虫、ショウジョウバエ幼虫、ゼブラフィッシュ幼虫)を含む。応用例としては、行動遺伝学、ニューロン活動と行動を結びつけ、刺激に対する反応を検出することが挙げられる。
MXYZ顕微鏡追跡器は、サンプルを視野に保持し、焦点を合わせた状態にすることができる。調整可能なレンズと補助カメラを使用して異なる焦点面から画像を収集することにより、対物レンズやサンプルを移動する必要はありません。これらの顕微鏡により撮像された画像を評価し、XYZ軸の位置を自動的に調整します。XYプラットフォームとZ軸プラットフォームのトラッキング機能は、単独でオンまたはオフにすることができます。

“Genome sequence of the nematode C. elegans: A platform for investigating biology.” (1998). www.genome.gov

XYZ顕微鏡トラッカーは、ソフトウェアプラグイン、調整可能レンズ、XYプラットフォーム、Zプラットフォーム、および補助カメラから構成されています。
Micro-managerプラグインはXYZ顕微鏡追跡システムのコアである。これにより、ユーザーはカメラ、調整可能なレンズ、XYプラットフォーム、Zプラットフォームを制御することができます。Micro-Managerは、さまざまなカメラや顕微鏡に対応する無料のオープンソースイメージングソリューションです。
調整レンズシステムは、C型のノッチを用いて撮像カメラと顕微鏡の出光口を接続する。調整可能レンズはZ軸顕微鏡追跡器の重要な構成部分であり、Z軸追跡はXY軸追跡よりも技術的に困難である。
