清掃作業を展開する前に、十分な準備をしなければならない。まず、設備が停電していることを確認し、電源プラグを抜いて、清掃中に感電リスクが発生しないようにしなければならない。次に、専用の洗浄ツール、例えばソフトブラシ、専用の洗浄布、プラスチックスクレーパ（設備の内壁を傷つけないようにする）、および適切な洗浄剤を用意し、通常は中性洗浄剤（例えば医療用中性酵素洗浄剤）を選択し、強酸、強アルカリまたは腐食性の洗浄剤の使用を厳禁し、設備のステンレス内壁とシール部材を損傷することを防止する。同時に、作業者は使い捨て手袋、マスクなどの防護用品を着用し、清掃剤が皮膚に接触したり、清掃中に発生した粉塵を吸い込まないようにしなければならない。​

清掃プロセスは「内から外へ、分解してから洗う」という原則に従う必要がある。第1ステップでは、供給管、ノズル、サイクロン、収集瓶などを含むリムーバブル部品を取り外す。これらの部品を調製した中性洗浄剤溶液（濃度は通常1〜2%）に入れ、15〜20分間浸漬し、その間に軟毛ブラシで部品の内壁と隙間を軽くブラッシングし、残留物の残渣を除去し、特にノズルの細孔径に注意し、専用通針で疎通し、目詰まりが後続の噴霧効果に影響することを防止する必要がある。第二歩、設備本体の内部を清掃し、清掃布を用いて少量の中性洗浄剤溶液をつけ、乾燥室の内壁、熱風入口と出口を拭き、頑固な汚れに対しては、まずプラスチックワイパーで軽く掻き取り、それから拭き、力を入れすぎて内壁コーティングを損傷しないようにする。第三歩、設備の外部を清潔にし、清潔な濡れ雑巾で本体の表面を拭き、ほこりと汚れを取り除き、最後に乾いた雑巾で拭き、水分が残って設備が錆びるのを防止する。すべての部品の洗浄が完了した後、脱イオン水または精製水で2 ~ 3回洗浄し、洗浄剤の残留がないことを確保し、その後部品を無菌乾燥箱に入れ、60 ~ 80℃で乾燥して予備とする。​

滅菌プロセスは実験需要と材料特性に基づいて適切な方法を選択しなければならない。一般的な滅菌方法には、高温滅菌と紫外線滅菌がある。高温滅菌は高温に耐えられる部品に適用し、洗浄乾燥後の部品を乾燥箱に入れ、温度121℃、圧力0.1 MPaを設定し、20-30分間保持し、細菌、真菌などの微生物を効果的に殺すことができる、設備本体内部に対して、熱風循環滅菌を採用し、設定温度80-100℃、1-2時間継続し、内部空間滅菌を確保することができる。紫外線滅菌は高温に耐えない部品と設備内部表面に適用され、紫外線ランプを設備内部に設置し、設備のドアを閉めた後に紫外線ランプを開き、30-60分間照射し、紫外線の殺菌作用を利用して微生物を殺す。注意しなければならないのは、紫外線は人体の皮膚と目にダメージを与え、滅菌中に人員は設備から離れなければならず、滅菌終了後は30分通風して上から設備のドアを開ける必要がある。​

また、清掃と滅菌の過程では、1つは清掃頻度であり、設備を使用するたびに清掃を行い、毎週少なくとも1回全面滅菌を行うこと、第二に、部品の取り付け、滅菌後の部品は無菌環境下で取り付け、二次汚染を避ける必要がある、第三に、設備の検査であり、清潔滅菌後に設備部品が取り付けられているかどうか、密封が良好であるかどうかを検査し、設備の正常な運行を確保する必要がある。科学的な洗浄と滅菌方法を厳格に遵守してこそ、実験室の低温噴霧乾燥機の安定した運転を保障し、実験結果の正確性と信頼性を高めることができる。